Bogusław Nizieński po wprowadzeniu stanu wojennego odmówił złożenia deklaracji lojalności i odrzucił żądanie wystąpienia z „Solidarności” przez co został zawieszony, a następnie odwołany z funkcji w ministerstwie. W następstwie został przeniesiony do Wydziału Karno-Rewizyjnego Sądu Wojewódzkiego w Warszawie. W 1985 r. zrzekł się stanowiska sędziego i rozpoczął do pracę jako radca prawny w prywatnej firmie „Unikum”.

Został ponownie powołany na stanowisko sędziego, gdy przewodniczący komisji zakładowej „Solidarności” Adam Strzembosz objął stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Sprawiedliwości. Wezwał on sędziów, którzy zrzekli się wcześniej stanowisk do powrotu do pracy w ministerstwie.

Bogusław Nizieński w 1990 r. został powołany do Sądu Najwyższego i przewodniczył II Wydziałowi Izby Karnej, który przeprowadzał rehabilitację skazanych w stanie wojennym i później. W stan spoczynku przeszedł w 1998 r.

W 1991 r. został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. W 1998 r. prezydent Aleksander Kwaśniewski odznaczył go Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi na rzecz wymiaru sprawiedliwości.

W 1998 r. został powołany na stanowisko Rzecznika Interesu Publicznego ds. lustracji, którą objął 1 stycznia 1999 r. i pełnił je przez 6 lat. Jest twórcą tzw. „listy Nizieńskiego”, będącej zestawienie zarejestrowanych przez SB jako tajni współpracownicy, co do których nie zachowały się w archiwum IPN-u materiały operacyjne, stanowiące dowód w procesie lustracji przed sądem lustracyjnym. Następnie przeszedł na emeryturę.

W 2008 r. sędzia Bogusław Nizieński „w uznaniu znamienitych zasług dla Rzeczypospolitej Polskiej, a w szczególności dla przemian demokratycznych i wolnej Polski, za działalność państwową i publiczną” z rąk prezydenta Lecha Kaczyńskiego został odznaczony Orderem Orła Białego.

w 2016 r. został powołany przez marszałka Sejmu Marka Kuchcińskiego w skład Zespołu Ekspertów do Spraw problematyki Trybunału Konstytucyjnego, który otrzymał za zadanie podjęcie kwestii powodujących zaistniały w 2015 kryzys wokół TK. Był członkiem Kapituły Nagrody „Semper Fidelis” przyznawanej przez Instytut Pamięci Narodowej.