20 -21 czerwca 1940 r. w Palmirach Niemcy przeprowadzili jedną z największych, w czasie II wojny światowej, egzekucji, w której zostało zamordowanych 378 Polaków, wśród zabitych było wielu wybitnych działaczy społecznych i politycznych, dziennikarzy, lekarzy, księży.
W palmirskim lesie zostali rozstrzelani m.in. złoty medalista w biegu na 10 tys. metrów na Igrzyskach Olimpijskich w Los Angeles w 1932 r. - Janusz Kusociński, długoletni poseł na Sejm RP – Mieczysław Niedziałkowski, prezes Stronnictwa Ludowego, Marszałek Sejmu – Maciej Rataj. Zamordowana została również córka generała Józefa Dowbor-Muśnickiego, przywódcy powstania wielkopolskiego.
Należy przypomnieć, że Niemcy wybrali Palmiry na miejsce kaźni polskich obywateli nieprzypadkowo, od 1939 roku w lesie kampinoskimi znajdowały się składy amunicji Wojska Polskiego, teren był zabezpieczony i trudno dostępny dla osób postronnych. Niemcy uznali, że miejsce to jest odpowiednie do przeprowadzania masowych rozstrzeliwań. Egzekucje w Palmirach były szczegółowo zaplanowane i przeprowadzane z niemiecką dokładnością – groby kopane były zazwyczaj przez młodzież z pobliskiego obozu Hitlerjugend. Zwłoki pomordowanych zasypywano ziemią, piaskiem, sadzono drzewka, mogiły maskowano liśćmi oraz ściółką leśną. W ten sposób oprawcy niemieccy zacierali ślady zbrodni. W dniach egzekucji teren kaźni zabezpieczały oddziały SS i policji. Zbrodni dokonywały głównie oddziały SS i Policji Bezpieczeństwa, Sipo. Za przeprowadzanie egzekucji odpowiadał dowódca SS i policji na dystrykt warszawski, Josef Meisinger.
Ofiarami mordu w Palmirach byli głównie więźniowie Pawiaka i aresztu gestapo w Al. Szucha. Okrucieństwo niemieckich oprawców było tym większe, że przed wywiezieniem na miejsce kaźni więźniowie byli przekonywani o tym, że jadą do innego więzienia bądź na roboty do Niemiec. Oddawano im rzeczy osobiste, a nawet otrzymywali porcję chleba. Do ostatniej chwili nie mieli oni świadomości, że to ich ostatnia podróż w życiu.
Odkrycie miejsc pochówku Polaków zamordowanych w Palmirach było możliwe dzięki pomocy polskich leśników, to oni oznaczali miejsca kaźni za pomocą krzyży wyrytych w korze drzew, wbijali również łuski w drzewa. Po zakończeniu wojny Czerwony Krzyż właśnie w tych miejscach przeprowadził ekshumację, zostały odkryte miejsca pochówku polskich obywateli rozstrzelanych przez zbrodniarzy niemieckich.
W Palmirach od grudnia 1939 do lipca 1941 roku Niemcy przeprowadzili 21 egzekucji, w których zginęło ponad 1700 osób.
Należy pamiętać, że oprócz Palmir egzekucje odbywały się także w innych miejscach Puszczy Kampinoskiej, m.in. w Wólce Węglowej, Laskach i Wydmach Łużych. Ostatnie miały miejsce w 1943 r.
W 1948 r. został utworzony cmentarz-mauzoleum, spoczywają tam szczątki ok. 2215 ofiar ekshumowanych w Puszczy Kampinoskiej i w Lasach Chojnowskich. Na cmentarzu znajduje się 577 nagrobków zidentyfikowanych ofiar, jest znanych 485 nazwisk Polaków, którzy zostali rozstrzelani w Palmirach, ale ciał ich nie rozpoznano. Pozostałe ofiary niemieckiej zbrodni są bezimienne.
Za zbrodnie dokonane w Palmirach (oraz pozostałych miejscach kaźni) odpowiedzialność ponieśli Josef Meisinger, który w marcu 1947 roku w Warszawie został skazany na karę śmierci. Ludwig Hahn, skazany został w lipcu 1975 roku na dożywocie. Bezpośredni niemieccy zbrodniarze, którzy dokonywali rozstrzeliwań nie zostali zidentyfikowani i pozostali bezkarni.