Sąd Okręgowy we Wrocławiu uznał, że Jan M. może odbyć karę 3 lat i 6 miesięcy pozbawienia wolności w zakładzie karnym wyposażonym w oddział szpitalny. Przez lata były zastępca komendanta unikał zasądzonej kary, tłumacząc się złym stanem zdrowia. Sąd zadecydował, że M. może odbywać karę w zakładzie karnym, jednak z zapewnionym dostępem do leków i rehabilitacji. W przypadku znaczącego pogorszenia się stanu zdrowia, skazany może opuścić więzienie i leczyć się na wolności.
31 sierpnia 1982 r. doszło do tzw. Zbrodni lubińskiej. Podczas spontanicznej manifestacji zorganizowanej w drugą rocznicę podpisania Porozumień Sierpniowych doszło do tragicznych wydarzeń. Początkowo milicja starała się rozpędzić tłum poprzez użycie gazu łzawiącego, lecz później padł rozkaz, aby użyć ostrej amunicji. W efekcie, od milicyjnych kul zginęło trzech mężczyzn – Andrzej Trajkowski, Mieczysław Poźniak oraz Michał Adamowicz.
Zbrodni do końca udało się wyjaśnić, nie ustalono również, kto strzelał do manifestujących. Jan M. wraz z komendantem MO w Lubinie miał udzielać funkcjonariuszom desygnowanym do wzięcia udziału w „zabezpieczeniu ładu i porządku na terenie miasta” szczegółowego instruktażu, podczas którego podniesiono zagadnienie użycia broni palnej, zakazując jej użycia bez rozkazu.